L’eau des Thermes Euganéens naît à 1.500 mètres d’altitude, dans les Petites Dolomites, de l’eau de pluie qui pénètre dans le sol jusqu’à la profondeur d’environ 3.000 mètres où elle s’enrichit de sels minéraux et se réchauffe progressivement. En plus de 25 ans elle parcourt environ 100 km et arrive à la zone Euganéenne où, à cause des particulières caractéristiques structurales du sous-sol, remonte rapidement jusqu’aux puits thermaux. L’eau jaillit a une température d’environ 87° et elle utilisée pour la maturation de la boue.
 
L’eau est employée aussi comme thérapie dans le bain thermal, les inhalations et dans les piscines thermales où s’effectuent les activités d’hydrokinésithérapie et de gymnastique médicale.
La boue thermale dérive tout simplement de la combinaison de l’argile avec l’eau salso-bromo-iodique, les microorganismes présents dans l’eau et les biomatériaux.
La boue subit un processus de maturation à l’intérieur de cuves spéciales au cours duquel la haute température et les
composants chimiques de l’eau thermale favorisent le développement d’une particulière microflore animale et végétale.